Il Sinodo della CELI, dura in carica quattro anni, ed è l’organo sovrano della CELI, che dibatte e delibera su tutte le materie della vita ecclesiale. I suoi compiti sono definiti dall’articolo 18 dello Statuto della CELI. E’ composto dai seguenti membri con diritto di voto:
Inoltre ne fanno parte, ma senza diritto di voto, i presidenti del Collegio dei Revisori dei Conti, del Collegio dei Conciliatori e della Commissione tecnico-finanziaria. La Presidenza del Sinodo, in carica quattro anni e rieleggibile, è composta da Presidente e Vicepresidente, eletti dai sinodali tra i propri membri laici, con le funzioni descritte nell’art. 20 dello Statuto della CELI.
Il Decano. come Pastore dirigente, è a capo della CELI. Egli rappresenta la Chiesa nel suo insieme. E’ eletto dal Sinodo, dura in carica quattro anni ed è rieleggibile. Egli espleta il suo mandato contestualmente ad un impegno pastorale in una comunità.
Il Concistoro è l’organo collegiale cui spetta la conduzione degli affari correnti e dell’amministrazione della CELI. I suoi compiti sono definiti dall’articolo 22 dello Statuto della CELI. E’ composto dal Decano (pastore) con funzioni di Presidente, dalla Vicedecana (pastora) e da tre Consiglieri laici, tra i quali elegge il Vicepresidente ed il Consigliere per gli affari finanziari. I componenti durano in carica per quattro anni e sono rieleggibili. Il Concistoro in carica:
Alla guida della Chiesa Evangelica Luterana in Italia, contribuiscono il Collegio dei revisori dei conti, il Collegio dei conciliatori, il Collegio in materia di fede e dottrina ed anche una serie di comitati permanenti quali la conferenza dei pastori, dei presidenti delle comunità e dei tesorieri, nonché la commissione tecnico-finanziaria (per le loro funzioni, si rimanda agli articoli dello Statuto a loro dedicati).