Jede ELKI-Gemeinde wird vom Kirchenrat und dem Pfarrer/der Pfarrerin geleitet. Der Pfarrer/die Pfarrerin wird von der Gemeindeversammlung für 6 Jahre gewählt mit der Möglichkeit zu verlängern. Für ihren Dienst wird er/sie i. d. R. von der Evangelischen Kirche in Deutschland entsandt. Seit den 60er Jahren des 20. Jahrhunderts werden in den evangelischen Kirchen in Deutschland auch Frauen zu Pfarrerinnen ordiniert und so gibt es heute auch in den Gemeinden der ELKI einige Pfarrerinnen. Der Pfarrer/die Pfarrerin kann heiraten. Manche Pfarrer- Ehepaare teilen sich auch eine Pfarrstelle.

Zu den Aufgaben des Pfarrers/der Pfarrerin gehört es, das Evangelium zu verkündigen (Predigt), die Sakramente zu verwalten, kirchlichen Unterricht für Jugendliche und Erwachsene zu erteilen, Seelsorge zu betreiben und Trauungen und Beerdigungen durchzuführen. Hinzu kommen Aufgaben in der Verwaltung Arbeit mit Gruppen und vieles Andere.

Um Pfarrer/Pfarrerin werden zu können, muss die betreffende Person zunächst ein Theologiestudium an einer evangelischen Fakultät absolvieren und dieses mit dem vorgeschriebenen Examen abschließen (laurea in teologia protestante). Darauf folgt eine ca. 2jährige praktische Ausbildung in einer Gemeinde, das Vikariat. Dieses wird wiederum mit einem abschließenden Examen beendet. Jetzt kann der Theologe/die Theologin zum Pfarrer/zur Pfarrerin ordiniert werden und in einer Gemeinde tätig sein.