Il Concistoro è l’organo collegiale cui spetta la conduzione degli affari correnti e dell’amministrazione della CELI. I suoi compiti sono definiti dall’articolo 22 dello Statuto della CELI. È composto dal Decano (pastore) con funzioni di Presidente, dal Vicedecano (pastore) e da tre Consiglieri laici, tra i quali elegge il Vicepresidente ed il Consigliere per gli affari finanziari. I componenti durano in carica per quattro anni e sono rieleggibili. Il Concistoro viene eletto dal Sinodo della CELI, organo sovrano della CELI, che dibatte e delibera su tutte le materie della vita ecclesiale. Il Concistoro coopera a stretto contatto con il Decanato e gli uffici amministrativi della CELI nella gestione e nell’organizzazione riunendosi una volta ogni due mesi per deliberare sulle attività della Chiesa. Rientrano nelle competenze del Concistoro: l’andamento delle Comunità, del personale, della formazione, conferenze dei pastori e dei presidenti, opere diaconali e di ecumenismo, finanze (bilanci, tasse, otto per mille), organizzazione del Sinodo e commissioni sinoidali, relazioni con istituzioni all’estero.